出现这种情况，主要依据法律条文和招标文件、合同来确定，并且要结合具体问题和谈判过程中的有关补充协议书。
正常情况依据法律文件规定
按照法律规定的合同文件解释先后顺序。
如果双方在招投标阶段有协议的情况
比如，有时候招标文件约定主材价格不做调整或认价，主材的价格涨价风险各自承担。而在谈判过程中，双方同意可以调整，签订合同时相应的合同条款做了修改，但是招标文件无法修改，此时双方应该就谈判调整一事签订书面协议书，这样就依据补充协议和合同应该以合同为准。
如果答疑过程中就某些问题做出了澄清
这种情况下，应该保留好澄清书面记录(一定要保证是有效文件)，相应合同条款也应该修改，这样不一致时，依据澄清文件和合同，应该以合同为准了。
从上面可以看出，虽然规定了合同文件先后解释次序，但是过程协商还是很有必要和重要的，协商好了要形成有效协议书，这样可以化解一些合同风险。
